La première mission confiée au Prytanée par l’armée de Terre, est une mission d' "aide à la famille". En effet, la mobilité des militaires est une contrainte majeure dans le déroulement de leur carrière et l'exercice du métier des armes comporte des séjours hors-métropole et des opérations extérieures déstabilisantes pour l'harmonie des scolarités des enfants de militaires.
La seconde mission confiée au Prytanée est d' "aider au recrutement", en préparantles candidats aux concours d'admission directe en écoles supérieures militaires (Ecole Supérieure Militaire de Saint-Cyr, Ecole Navale, Ecole de l'Air, Ecole Nationale Supérieure des techniques avancées, Ecole Polytechnique, École Nationale Supérieure des Ingénieurs de l’Infrastructure Militaire).
